من أهم مميزات الدراسة في جامعة أطلس:

• تأسيس البنية التحتية للجامعة على طريقة تكنولوجية حديثة.
• دعم جامعة أطلس للطلاب ذوي الاحتياجات الخاصة من خلال توفير مساحات خاصة بهم من ضمن المرافق التعليمية.
• تنوع التخصصات الأكاديمية التي تتوفر بجامعة أطلس؛ مثل: التخصصات الطبية، والهندسة، والعلوم الاجتماعية وغيرها.
• جامعة أطلس تسمح بنظام التخصص المزدوج الذي يدرس فيه الطالب تخصص أكاديمي رئيسي وآخر ثانوي. تضمن هذه الميزة للطلاب حصولهم على كم أكبر من الخبرات والمهارات المهنية في مدة قصيرة.  
• تشارك الجامعة في العديد من برامج التبادل الطلابي، مثل: برنامج إيراسموس. 
• لدى الجامعة العديد من التعاقدات والتعاونات الدولية التي تضيف امتيازات متنوعة إلى الجامعة وطلابها في مختلف المجالات.
• تمد جامعة أطلس يدها لتقديم كافة الاستشارات المهنية للطلاب والخريجين عن طريق المركز الوظيفي التابع للجامعة.
• وجود مستشفى جامعي لتخصص الطب البشري ومستشفى جامعي لطب الأسنان لمساعدة المرضى على تلقي العلاج والتشخيص الطبي السليم. حيث يخضع طلاب التخصصات الطبية للتدريبات العملية بشكل مستمر في أعوام الدراسة الأخيرة.